《百鬼阴阳师》的主题围绕着勇气、智慧和守护展开。故事通过安倍晴明等人与黑暗势力的斗争，展现了人类在面对邪恶势力时的勇敢和智慧。他们不断修炼提升自己的力量，运用阴阳术法对抗妖邪，保护百姓免受侵害。